ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
  • Napovedovanje navzkrižne reaktivnosti med proteini kravjega mleka in črevesne mikrobiote s pomočjo primerjav tridimenzionalnih struktur z orodjem Dali [Elektronski vir] = Prediction of cross-reactivity between cow's milk proteins and gut microbiota using three-dimensional structural comparisons with the Dali tool : magistrski študij industrijska farmacija
    Nemec, Oskar
    Alergijske bolezni so škodljive specifične imunske reakcije na običajno neškodljive snovi. Med pogostimi vrstami so alergije na hrano, ki predstavljajo globalni zdravstveni problem, ki prizadene ... okoli 10 % svetovnega prebivalstva, pri čemer najnovejši podatki kažejo trend naraščanja. Alergene sestavine v hrani so običajno proteini. Pogost pojav pri alergijah na hrano je navzkrižna reaktivnost (CR), pri kateri imunski mehanizmi, občutljivi na primarni alergen, prepoznajo in reagirajo na sekundarne alergene zaradi prisotnosti navzkrižno reaktivnih epitopov. Metode za identifikacijo CR vključujejo eksperimentalne tehnike in bioinformacijske analize, ki temeljijo na iskanju podobnosti med alergenimi proteini s poravnavo aminokislinskih zaporedij (npr. BLAST) ali naprednejšimi orodji za kartiranje epitopov (npr. CrossReact). Uporaba orodij za določanje podobnosti terciarnih oz. 3D struktur, kot je Dali, pa je še premalo raziskana, prav tako tudi morebitna CR med prehranskimi antigeni in črevesno mikrobioto, ključnim dejavnikom alergij na hrano. V magistrski nalogi smo želeli pokazati, da je orodje Dali uporabno za napovedovanje CR ter da imajo alergeni kravjega mleka in proteini, s katerimi potencialno navzkrižno reagirajo, večjo podobnost na ravni terciarnih struktur kot na ravni zaporedij. Rezultati analiz z orodjem Dali kažejo splošno korelacijo med podobnostjo terciarnih in primarnih struktur, vendar obstajajo izjeme, pri katerih proteini z nizko podobnostjo zaporedij izkazujejo visoko podobnost terciarnih struktur in obratno. Po validaciji orodja smo želeli identificirati proteine črevesne mikrobiote, ki so strukturno podobni alergenom kravjega mleka, ter oceniti njihov potencial za CR. Zaradi omejene razpoložljivosti strukturnih podatkov in dokazov za CR v literaturi smo analizo izvedli le za mlečne alergene Bos d 4, Bos d 5 in Bos d 6. S pomočjo orodja Dali smo preiskali zbirki PDB in AF-DB ter identificirali številne podobne proteine iz mikrobiote, vendar na podlagi teh rezultatov ne moremo z gotovostjo presoditi verjetnosti za nastanek CR. Okvirno lahko določimo le, da je verjetnost za nastanek CR s proteini mikrobiote nižja pri Bos d 6 in višja pri Bos d 4 in 5. Na podlagi našega dela ugotavljamo, da bi pri nadaljnjih raziskavah primerjava struktur z orodji, kot je Dali, lahko služila kot začetno presejalno orodje za identifikacijo kandidatov s splošno strukturno podobnostjo, s katerimi bi nato izvedli nadaljnje bioinformacijske analize na ravni epitopov ter eksperimentalne validacije.imunološke odzivnosti.
    Type of material - master's thesis ; adult, serious
    Publication and manufacture - Ljubljana : [O. Nemec], 2025
    Language - slovenian
    COBISS.SI-ID - 241180163

    Link(s):

    https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=170133

Shelf entry