ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
  • Primerjava primarnih in tridimenzionalnih struktur proteinov iz hrane in črevesne mikrobiote z uporabo bioinformacijskih orodij COMPASS, BLAST in PDBeFold [Elektronski vir] = Comparison of primary and three-dimensional structures of proteins from food and gut microbiota using bioinformatics tools COMPASS, BLAST and PDBeFold : magistrska naloga : magistrski študijski program Industrijska farmacija
    Ferara, Živa
    Alergija na hrano je neželena reakcija imunskega sistema na alergene proteine hrane. Pogostost alergij na hrano narašča, zato postajajo vse večji izziv za zdravstvo in družbo. Dodaten izziv ... predstavlja navzkrižna reaktivnost, pri kateri imunski sistem posameznika prepozna in reagira na primarnemu alergenu podobne proteine. To otežuje natančno diagnozo in s tem določitev varnih živil za posameznike z alergijami. V magistrski nalogi smo želeli ugotoviti, ali je podobnost tridimenzionalnih (3D) struktur proteinov boljši napovednik navzkrižne reaktivnosti kot podobnost njihovih primarnih struktur. Kot primer smo uporabili alergeni protein Ara h 1 iz arašidov. V znanstveni literaturi smo poiskali primere dokazane navzkrižne reaktivnosti med pari obravnavanih proteinov. V prvem delu eksperimentalnega dela smo s pomočjo podatkovne zbirke alergenov COMPARE pridobili primarne proteinske strukture Ara h 1 in sorodnih alergenov. Z bioinformacijskim orodjem COMPASS smo poiskali proteine s podobno primarno strukturo, podobnost primarnih in 3D struktur parov proteinov pa smo ovrednotili z orodjema BLASTp in PDBeFold. Potrdili smo visoko stopnjo 3D podobnosti med navzkrižno reaktivnimi proteini tudi v primerih, ko je bila primarna podobnost nizka. Podobnost 3D struktur je torej boljši napovedni dejavnik za možnost navzkrižne reaktivnosti kot podobnost primarnih struktur. Pomanjkanje eksperimentalno določenih struktur omejuje možnost izvajanja tovrstnih raziskav. To omejitev bi bilo v nadaljnjih raziskavah mogoče preseči z vključitvijo računalniško napovedanih 3D struktur, kar bi omogočilo primerjavo večjega števila proteinov. Raziskali smo še morebitno strukturno podobnost med alergenom Ara h 1 (in podobnimi proteini) ter bakterijskimi proteini človeške črevesne mikrobiote (ČMB). Identificirali smo nekaj primerov takšne podobnosti in ugotovili nizko verjetnost za pojav navzkrižnih reakcij. V večini primerov je šlo za probiotične proteine, ki jih uporabljamo v prehranskih dopolnilih. Za oceno podobnosti 3D struktur alergena Ara h 1 (in podobnih proteinov) ter bakterijskih proteinov ČMB smo poleg orodja PDBeFold uporabili tudi orodje DALI. Rezultati DALI in PDBeFold so pokazali visoko stopnjo medsebojne skladnosti, kar potrjuje zanesljivost ugotovitev o podobnosti 3D struktur in hkrati učinkovitost obeh orodij.
    Type of material - master's thesis ; adult, serious
    Publication and manufacture - Ljubljana : [Ž. Ferara], 2025
    Language - slovenian
    COBISS.SI-ID - 251600387

    Link(s):

    https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=173161

Shelf entry